Seguint el rastre del SARS-CoV-2 a Moçambic

Un nou estudi coliderat per ISGlobal, el Centre de Investigació en Salut de Manhiça (CISM) i el Institut de Biomedicina de València del Consell Superior d'Investigacions Científiques (IBV-CSIC), va utilitzar tecnologia capdavantera de seqüenciació i anàlisi filogenètica per a estudiar la segona i tercera onada de COVID-19 a Moçambic. Els resultats, publicats a Lancet Global Health, mostren que la variant beta del SARS-CoV-2 va arribar principalment de Sud-àfrica, mentre que el principal origen de la variant delta va ser el Regne Unit i l'Índia, a més de Sud-àfrica.

 Des de l'inici de la pandèmia, els esforços globals per a seqüenciar el SARS-CoV-2 han generat una quantitat de dades sense precedents (més de 15 milions de seqüències pujades al servidor GISAID avui dia). Aquesta informació ha resultat crucial per a entendre l'evolució del virus i el possible impacte en vacunes i altres mesures de salut pública. No obstant això, l'origen de les mostres seqüenciades ha estat molt dispar: en moltes regions del món el mostreig ha estat insuficient, la qual cosa dificulta la vigilància genòmica a escala global i local.

 “La majoria dels països africans, amb l'excepció de Sud-àfrica, ha reportat un número molt petit de seqüències. Per exemple, a Moçambic teníem molt poca informació sobre les variants virals que van circular durant les diferents ones de COVID-19, o d'on van arribar i quan,” comenta Alfredo Mayor, investigador d’ISGlobal, centre impulsat per la Fundació “la Caixa”, i del CISM.

En aquest estudi, un equip liderat per Mayor, Inácio Mandomando (CISM), Iñaki Comas (IBV) i Mariana López (IBV), va seqüenciar el genoma del virus a partir de mostres de pacients simptomàtics del sud de Moçambic, recollides durant la segona i tercera ones de COVID-19. Els objectius de l'estudi van ser: quantificar quantes vegades es van introduir les diferents variants del virus al país, identificar la seva procedència, i avaluar de quina manera van contribuir a alimentar la pandèmia local. L'equip investigador va usar una eina informàtica nova (UShER) per a comparar les seqüències generades amb més de set milions de seqüències publicades.

Viatges regionals per a beta, internacionals per a delta

Els resultats confirmen que la gran majoria de les gairebé 1.000 seqüències de Moçambic analitzades en aquest estudi corresponien a la variant delta (que va predominar en la tercera onada, entre juny i setembre del 2021), seguida de beta (que va predominar en la segona onada entre gener i març del 2021), encara que també es van identificar altres variants que no havien estat reportades a Moçambic (com AI.37 i C.1.2) o fins i tot a Àfrica (com AI.29).

L'anàlisi va revelar 190 introduccions independents de la variant beta al llarg de set mesos, la gran majoria a partir de Sud-àfrica, país veí on es creu que va sorgir aquesta variant. La variant alfa, que en aquest moment dominava a Europa, no va ser detectada. Per contra, la delta va arribar a Moçambic més ràpidament (la majoria de les 220 introduccions independents van ocórrer al llarg de quatre mesos) i des de més lluny: el Regne Unit i l'Índia, encara que també de Sud-àfrica. Delta ràpidament es va imposar sobre beta, a causa de la seva major transmissibilitat i a una major transmissió comunitària. Els resultats també indiquen que la majoria d'introduccions, sigui de beta o de delta, no van generar descendents. Només una fracció de les mateixes va contribuir a la propagació local del virus.

“Podem concloure que la COVID-19 es va transmetre a Moçambic a partir de migracions regionals (per a beta) i internacionals (per a delta)”, explica Inácio Mandomando, coordinador de l'àrea de malalties bacterianes, virals i altres malalties tropicals desateses del CISM.

“Hem arribat a aquestes conclusions gràcies al fet que en el nostre estudi comparem les seqüències virals de Moçambic amb totes les dades disponibles del món; aquest enfocament permet minimitzar el biaix en la inferència de l'origen de les variants”, destaca Iñaki Comas, investigador principal de la Unitat de Genòmica de la Tuberculosi (IBV-CSIC) i coordinador de la Plataforma (PTI+) de Salut Global del CSIC.

Aquests resultats qüestionen el balanç entre cost i benefici per a la salut d'aquesta mena de mesures en situacions de porositat de fronteres, com és el cas a Moçambic. “Les restriccions de moviment i el tancament de fronteres probablement van evitar o van retardar en gran manera la introducció de variants a partir de països no africans, però van resultar insuficients per a detenir l'entrada del virus des de països veïns”, conclou Mariana López, investigadora de la Unitat de Genòmica de Tuberculosi a l'IBV-CSIC.

Referencia:

Martinez-Martinez FJ, Massinga AJ, De Jesus A et al. Tracking SARS-CoV-2 introductions in Mozambique using pandemic-scale phylogenies: a retrospective observational study. The Lancet Global Health. 2023.